Trong năm kể từ khi những sinh viên thuộc thế hệ thứ 77 gia nhập AKB0048, Tổ chức Thương mại Thiên hà Sâu [DGTO] và DES đã đẩy mạnh các cuộc tấn công vào lĩnh vực giải trí. Đáp lại, AKB0048 mang lại cuộc tổng tuyển cử và vị trí center nova. Các học viên dưới giờ bị đẩy vào một cuộc cạnh tranh mới trực tiếp chống lại những người kế nhiệm. Nhưng khi AKB0048 đưa ra các chính sách chưa từng thấy kể từ khi Acchan mất tích, một kẻ thù mới mạnh hơn đang âm thầm di chuyển đằng sau hậu trường.