Trong tương lai gần, một cơn lũ đột ngột và không thể giải thích được đã nhấn chìm phần lớn nền văn minh của loài người. Ikaruga Natsuki, một cậu bé mất mẹ và chân trong một vụ tai nạn vài năm trước, trở về trong sự vỡ mộng sau cuộc sống khắc nghiệt ở thành phố lớn để thấy ngôi nhà cũ ở vùng nông thôn của mình đã bị biển nuốt chửng một nửa. Không còn gia đình, tất cả những gì cậu có là con tàu và tàu ngầm mà bà ngoại là nhà hải dương học để lại cho cậu, cùng với những món nợ của bà.