Season 3 bắt đầu khoảng 6 tháng sau kết thúc Season 2, khi Joe Leaphorn và Jim Chee đi sâu vào một vụ án mới: hai cậu bé mất tích trên vùng Navajo. Chỉ còn lại chiếc xe đạp bị bỏ lại và vết máu, khiến cả hai phải dấn sâu vào một mạng lưới tội phạm phức tạp.