400 năm sau, dịch bệnh đã quét sạch phần lớn dân số thế giới, ngoại trừ một thành phố có tường bao quanh, Bregna, được cai trị bởi một đại hội các nhà khoa học. Khi Æon Flux, đặc vụ hàng đầu trong cuộc nổi dậy ngầm 'Monican', được giao nhiệm vụ giết một nhà lãnh đạo chính phủ, cô khám phá ra một thế giới bí mật.