Phần 3 của Silo tiếp nối ngay sau những sự kiện cuối mùa 2, đồng thời mở rộng quy mô câu chuyện bằng cách kể song song hai mốc thời gian: hiện tại trong các hầm trú ẩn (Silo) và quá khứ, hơn 350 năm trước – thời điểm thế giới bắt đầu sụp đổ.